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真菌性角膜溃疡治疗以抗真菌药物为主，常用0.25%二性霉素B（该药球结膜下注射易致结膜坏死，临床要特别注意）、金褐霉素眼膏、制霉菌素眼膏及10%大扶康、1%咪康唑、1%克霉唑等每日3-4次点眼，并全身应用抗真菌药。皮质类固醇无论全身或局部单独使用均属禁忌，由于本病多引起虹膜炎，须经常注意散大瞳孔。

穿透性角膜移植术是近年比较肯定的手术治疗方法，其适应症主要是药物治疗无效，或角膜溃疡穿孔，发生眼内容物脱出或继发青光眼等严重并发症，为挽救眼球而采取的一种抢救性手术，由于真菌菌丝可垂直生长，加上真菌毒素、蛋白分解酶及可溶真菌的抗原作用，真菌菌丝可向深部生长，甚至侵入眼内，手术难以清除干净眼内的真菌，故术后常出现复发。因此对无手术适应症者，强调先行抗真菌药物治疗。

中医认为本病多因湿热所致，治疗时要分辨湿热的偏重，选用清热祛湿药，常用的方剂有磙湿汤、甘露饮等。此外，还采用中药熏洗或雾化治疗。